Drejtuesit e parë të arkeologjisë shqiptare kanë qenë:

• Prof. Hasan Ceka drejtor i Muzeut Arkeologjik-Etnografik (hapur në vitin 1948),
• Prof. Selim Islami përgjegjës i Sektorit të Arkeologjisë në Institutin e Histori-Gjuhësisë,
• Prof. Muzafer Korkuti përgjegjës i Sektorit të Arkeologjisë të Institutit të Historisë
• me ndarjen nga Instituti i Historisë më 1976 si institucion më vete, brenda sistemit të Akademisë së Shkencave, u drejtua nga Prof. Aleksandra Mano drejtore e Qendrës së Kërkimeve Arkeologjike 1976-1982,
• Prof. Muzafer Korkuti drejtor i Qendrës së Kërkimeve Arkeologjike 1982-1990,
• Prof. Neritan Ceka drejtor i Institutit të Arkeologjisë 1990 – 1993,
• Prof. Namik Bodinaku 1993-1997,
• Prof. Muzafer Korkuti 1997 – 2008
• dhe Prof. Shpresa Gjongecaj-Vangjeli prej 2008 e në vazhdim.