Nga viti 1997, Instituti Arkeologjisë ka bashkëpunuar sistematikisht me Universitetin e Tiranës, Fakultetin Histori-Filologji, dega histori.
Mundësitë e krijuara vitet e fundit për studentët e kësaj dege për të përzgjedhur specialitete të ndryshme, një prej të cilave është edhe arkeologjia, ka mundësuar mësim-dhënien e specialistëve të Institutit të Arkeologjisë në fushën e prehistorisë, të antikitetit ilir, të antikitetit të vonë dhe mesjetës. Kjo shoqërohet me kurset për dhënien e njohurive praktike (për metodat e mjetet e gërmimit) gjatë ekspeditave arkeologjike, ku studentët e këtij profili marrin pjesë.
Leksione me cikël më të shkurtër për arkeologjinë bëhen nga specialistët tanë edhe në universitetet e Shkodrës, Elbasanit dhe Gjirokastrës për degën e historisë. Një pjesë e specialistëve të institutit janë përfshirë në provime, dhe komisione për kualifikimin.
Të gjitha praktikat e studentëve në fushën e arkeologjisë janë mbuluar po nga instituti me fondet e arkeologjisë. Për këtë janë hapur shkolla verore në Butrint e Finiq dhe janë dërguar grupe studentësh nga instituti ynë jashtë vendit për formim në këtë fushë.
Në kuadrin e bashkëpunimit bilateral midis Shqipërisë dhe vendeve fqinje (Greqi e Itali), instituti ka marrë pjesë, nga viti 2000, në projekte që bashkojnë specialistë të disa institucioneve shqiptare, si: Universiteti i Tiranës, Universiteti Politeknik, etj.
Bashkëpunime me Universitete të Huaja
- Universiteti Politeknik i Barit- Itali
- Universiteti i Maceratës- Itali
- Universiteti i Bolonias- Itali
- Universiteti i Lyon 2 -France
- Universiteti Chieti-Pescara –Itali
- Shkolla Franceze e Athinës
- Instituti i Marredënieve Ndërbalkanike Kulturore, Athinë-Greqi
- Universiteti –Wurzburg Gjermani
- Shkolla Franceze e Romës
- Universiteti i Prishtinës
- Universiteti Goethe Franfurt- Gjermani
- Instituti Arkeologjik i Kosovës
- Instituti i Kërkimeve të Arkitekturës Antike (IRAA) Universiteti I Pau-Francë
- Instituti Arkeologjik, Akademia e Shkencave të Austrisë
- Universiteti Avignon-Francë
- Shoqata Kulturore Shqiptare- Mali i Zi
- Universiteti i Sorbonne-Francë
- Universiteti i Varshavës -Poloni
- Universiteti i Gjenevës – Zvicër
- Universitetin Charles – De – Gaulle – Lille 3, Francë
- Universiteti i Këlnit- Gjermani
- Universiteti i Ankarasë, Turqi
- Universiteti Pierre Mendes Francë, Grenoble
- Universiteti i Cincinnati (SH.B.A)
Anëtarësimi në organizata ndërkombëtare
- Organizata Botërore e Arkeologjisë (WAO),
- Shoqata e Arkeologëve Evropianë (EAA),
- Komiteti Botëror i Muzeve (ICOM),
- Komiteti Ndërkombëtar i Monumenteve (ICOMOS),
- Shoqata e Prehistorianëve Evropianë, anëtarë korrespondentë të Institutit Arkeologjik Gjerman (DAI),
- Instituti Arkeologjik i Amerikës (AIA) etj.