Veprimtaritë më të rëndësishme shkencore të kryera ndër vite nga Instituti i Arkeologjisë janë:

• Simpoziumi ”Ilirët dhe gjeneza e shqiptarëve” (1969)
• Kuvendi I i Studimeve Ilire (1972)
• Sesionet shkencore të përvitshme për rezultatet e kërkimeve arkeologjike në Shqipëri.
• Konferenca në bashkëpunim me Institutin e Historisë dhe të Gjuhësisë: “Mbi formimin e popullit shqiptar, gjuhës e kulturës së tij.” (1982)
• Kuvendi i II i Studimeve Ilire (1985)
• Konferenca Ndërkombëtare “Krishtërimi i hershëm dhe Shqipëria” (1995)
• Simpoziumi ndërkombëtar “50 vjet Arkeologji Shqiptare” (1998)
• Simpoziumi ndërkombëtar “Viti Arkeologjik 2002” 2002
• Simpoziumi ndërkombëtar “80 vjet kërkime arkeologjike në Apolloni” (2004)
• Simpoziumet ndërkombëtare “Kaonia antike” (2003-2004)
• “International Congress of Albanian Archaeological Studies”, Janar 2016
• “New Archaeological Discoveries in the Albanian Regions”, Janar 2017
• Konferenca “Viti Arkeologjik 2017”, 22 janar 2018.
• Konferenca në bashkëpunim me Ambasadën Austriake “100 vjet arkeologji në Shqipëri”, 2018.

• Konferenca ndërkombëtare “Austro – Hungaria dhe Shqipëria, 1916 – 1918”, 2018
• “Misionet arkeologjike franko-shqiptare: mes kërkimit shkencor dhe rivlerësimit turistik dhe kulturor të trashëgimisë”- Bashkëpunim me Ambasadën Franceze në Shqipëri, mars 2018.
• Konferenca ndërkombëtare në bashkëpunim me Shkollën franceze të Romës dhe Universitetin Bordeaux III – Montaigne “Kultet e Adriatikut (shek. III para Kr.- shek.VII pas Kr.)”, prill 2018.
• Konferenca ndërkombëtare e organizuar me rastin e “70 vjetorit të arkeologjisë shqiptare” me temë “Kërkime në fushën e Antikitetit: Bilanc dhe Perspektivë”, qershor 2018.
• Konferenca ndërkombëtare “Projekti HEFA Albania” në bashkëpunim me Ambasadën italiane dhe Universitetin e Urbinos, qershor 2018.
• Konferenca ndërkombëtare me temë “Kërkime në fushën e Arkeologjisë Prehistorike”, 2018.
• Konferenca ndërkombëtare “L’Archeologi della morte in illiria e in epiro contesti, ritualità e immagini tra eta’ ellenistica e romana (Arkeologjia e Vdekjes në Iliri dhe Epir. Kontekstet, Ritualiteti dhe Imazhetgjatë periudhave helenistike dhe romake)”, 2019.