Ky Arkiv është një pasuri e krijuar nga kërkimet arkivore, të ndërmarra nga punonjësit e këtij institucioni ndër vite, në shtete të ndryshme. Fondet e tij përbëhen nga dokumente të sjella nga ekspeditat e studiuesve pranë arkivave të huaja, nga materiale të ndryshme të sjella nga biblioteka dhe institucione të tjera shkencore etj.
Fondet e AIH përbëjnë bazën kryesore burimore jo vetëm për punimet e botimet shkencore të deritanishme nga punonjësit e IH, por edhe më gjerë. AIH, për arsye të vlerave burimore dhe shkencore që zotëron, do të vazhdojë të shërbejë edhe në të ardhmen si një ndër referencat kryesore të hulumtimeve shkencore, me qëllim kryerjen e studimeve të larmishme nga ana e shkencëtarëve. Rëndësia tjetër e këtij arkivi qëndron në faktin se ai shfrytëzohet si nga studiuesit shqiptarë, ashtu dhe nga studiues të huaj jashtë vendit.
Në këtë arkiv përveç studiuesve punojnë edhe një numër i madh studentësh të masterit dhe doktoraturës nga universitetet shqiptare, si dhe doktorantë nga universitetet jashtë vendit, me të cilat Instituti i Historisë ka nënshkruar marrëveshje për këtë qëllim.
Arkivi i Institutit të Historisë është i pasur me dokumente arkivore dhe monografi të pabotuara. Ai ruan dokumente të sjella nga arkivat amerikane, arkivat britanike, arkivat franceze, arkivat austriake, arkivat italiane, arkivat turke, arkivat greke, bullgare, arkivat e Kosovës, Maqedonisë, Malit të Zi, Kroacisë e Serbisë.
arkivi i literaturës
Përmban materiale në dorëshkrim apo të daktilografuara (rreth 4.000 dosje).
arkivat digjitale
Përmban dokumente të marra nga arkivat e huaja me rreth 700.000 imazhe). Këto janë koleksione të plota mbi Shqipërinë që janë sjellë gjatë viteve 2010-2016.
arkivat
arkivi i fotokopjeve
Përmban materiale të fotokopjuara nga arkiva të huaja (rreth 3.800 dosje)
fototeka
Këto arkiva ndahen sipas fondeve, të cilat u korrespondojnë periudhave përkatëse dhe sipas arkivave të huaja nga janë marrë.
Organizimi i materialeve është bërë në bazë të skedarëve, ku çdo skede i përgjigjet dosja përkatëse.
Perspektiva e Arkivit
Ky arkiv do të vazhdojë të luajë një rol tepër të rëndësishëm për realizimin e projekteve dhe studimeve që do të kryhen nga studiuesit dhe historianët, sipas tematikës dhe fushave të studimit të secilit në lëmin e historiografisë shqiptare. Për t’i shërbyer sa më mirë këtij qëllimi, AIH, veçanërisht 6 vitet e fundit (2010-2016), është pasuruar dukshëm dhe do të vazhdojë të pasurohet më tej me fonde arkivore dhe me literaturë historiografike.
Instituti i Historisë ka botuar dhe vazhdon të botojë vëllime me dokumente nga ky arkiv për një publik më të gjerë.