Gjurmimi i nekropolit të vendbanimit antik të Babunjës ka qenë në qendër të gërmimeve arkeologjike që u zhvilluan në periudhën 20 shtator-15 tetor 2021. Me shumë gjasa, ky nekropol gjendej në krahun verior të vendbanimit, në kodrën përballë tij, siç u kuptua nga gjurmimet sipërfaqësore të vitit 2019. Në fushatën e këtij viti u dokumentuan 7 varre të dëmtuara, një pjesë e të cilave me konstruksion tjegullash ndërsa pjesa tjetër me gropë të thjeshtë.

Varret përmbanin skelete të dëmtuara, ndërsa në 5 prej tyre skeletet shoqëroheshin me gjetje arkeologjike të datuara në shekujt 5-4 para Krishtit. Bie në sy fakti se, të gjithë varret u dokumentuan buzë shpatit jugor të kodrës përballë vendbanimit antik “Babunjë”, ndërsa sondazhet në pjesën e sipërme të terrace nuk dhanë rezultatet e pritura.

Varret e zbuluara mund të jenë mbetjet e një varreze antike, e dëmtuar gjatë punimeve për hapjen e rrugës të fshatit “Babunjë e Re” në vitet ‘70 të shekullit të kaluar. Koha e datimit të kësaj varreze përputhet mjaft mirë me datimin e vendbanimit të Babunjës dhe varreza me sa duket i përket këtij qyteti.

Projekti “Babunja” u drejtua nga Prof. Dr. Bashkim Lahi, IA, Tiranë dhe Dr. M. Fiedler Universiteti Humbold, Berlin, me pjesëmarrje aktive të Prof. As. Dr. Eduard Shehi, IA, Tiranë, Prof. As. Dr. Britney Kyle, Northern Colorado University dhe Prof.As. Dr. Laurie Reitsema, Gaorgia University, me mbështje financiare nga Northern Colorado University.